Złe zarządzanie kościołem doprowadziło go w połowie XVIII wieku do stanu grożącego zawaleniem.
Kościół dzisiejszy Duchowny Ġużeppi Spiteri poprosił biskupa De Bussan o pozwolenie na odbudowę kościoła Matki Boskiej Bolesnej, jego prośba została przyjęta 12 października 1757. Rycerz Wolfgang Philip von Guttenberg był głównym dobroczyńcą kościoła, w nowym budynku umieszczono pamiątkowy napis i herb von Guttenberg. Warto wspomnieć, że von Gutenberg wspomagał również budowę innych kościołów, m.in. sanktuarium Matki Bożej Miłosierdzia w Qrendi. Podczas francuskiej okupacji Malty w 1798 niektóre herby na kościele i klasztorze zostały zniszczone. W 1844 kościół przeszedł pod jurysdykcję parafii św. Publiusza we Florianie, a w 1867 św. Józefa w Msidzie.
Ponieważ tal-Pietà znajduje się blisko Valletty i Grand Harbour, nie uniknęła nalotów bombowych podczas II wojny światowej. Pierwszy atak nastąpił 11 czerwca 1940 krótko po północy. Pewna ilość domów została uszkodzona, jeden całkowicie się zawalił. Ewakuowanych zostało około 15 osób, które umieszczono w kościele Matki Boskiej Bolesnej. Kościół na krótko podlegał jurysdykcji parafii Niepokalanego Poczęcia w Ħamrun, a od 1968 jest częścią parafii Matki Bożej Fatimskiej w Gwardamanġa.