Szyfrowanie E2E a prywatność W wielu systemach przesyłania wiadomości, w tym w poczcie elektronicznej i wielu komunikatorach internetowych, wiadomości przechodzą przez serwery pośredników i są przechowywane przez stronę trzecią, od której są pobierane przez odbiorcę. W wielu z nich wiadomości szyfrowane są wyłącznie w drodze od nadawcy do serwerów komunikatora oraz od serwerów komunikatora do adresata (szyfrowany jest wyłącznie ruch pomiędzy nimi), a zatem są dostępne dla usługodawcy.
Umożliwia to na przykład wyszukiwanie tekstu w konwersacjach lub skanowanie w poszukiwaniu nielegalnych lub nieodpowiednich treści, ale oznacza także, że wszystkie wiadomości mogą być odczytane przez usługodawcę. Taki dostęp może być postrzegany jako ryzyko, jeśli prywatność i poufność informacji jest szczególnie istotna – m.in. w przypadku komunikacji na tyle ważnych, aby stały się celem hakowania lub inwigilacji, negocjacji biznesowych oraz danych związanych ze zdrowiem lub o małoletnich.
Pomimo zalet płynących z zastosowania E2EE, używanie takiego sposobu komunikacji samo w sobie nie gwarantuje zachowania pełnej prywatności i bezpieczeństwa danych.