Po powrocie piłkarz doznał ciężkiej kontuzji po brutalnym faulu zawodnika klubu Bangu, Marcio Nunesa. Fakt ten przerwał jego karierę na kilka miesięcy. Zico grał na mistrzostwach świata 1986 jeszcze jako kontuzjowany i nie strzelił rzutu karnego tuż przed końcem ćwierćfinałowego meczu przeciwko Francji, co wyeliminowało po konkursie rzutów karnych (gdzie Zico zrehabilitował się pewnie wykonując jedenastkę) Canarinhos z turnieju. Sprawy poprawiły się dopiero w 1987 kiedy Zico poprowadził CR Flamengo do czwartego tytułu mistrzowskiego. Wielu uważało Zico za najlepszego piłkarza w historii klubu, a jego osiągnięcia zainspirowały piosenkarza Jorge Benjora do napisania piosenki na jego cześć – Camisa 10 da Gávea – która to zbudowała klubowy mit koszulki z numerem 10.
Po pierwszych wyborach prezydenckich w Brazylii od wielu lat, nowy prezydent Fernando Collor de Mello powołał Zico na stanowisko ministra sportu. Piłkarz sprawował ten urząd przez około rok i jego głównym wkładem była ustawa ograniczająca biznesową stronę klubów sportowych. Do dzisiaj większość brazylijskich klubów piłkarskich jest administrowanych bardziej jako organizacje amatorskie niż profesjonalne firmy.