Przez kolejny rok koncertował wydając w tym czasie singiel „Cro-Magnon” i album koncertowy Live at the Middle East.
W 2002 roku ukazała się jego przełomowa EP-ka, Emergency Rations, będąca efektem współpracy z producentem Edanem i raperem Akrobatikiem. Znajdująca się na niej piosenka, „Home of the Brave”, w której artysta zawarł ostry komentarz polityczny, napisany w następstwie ataków terrorystycznych z 11 września 2001, to jeden z najbardziej prowokacyjnych protest songów, jaki kiedykolwiek powstał w hip-hopie. W tym samym roku ukazał się jego album, I Phantom, który razem z Emergency Rations sprzedał się w liczbie ponad 50 tysięcy kopii, co było znaczącym osiągnięciem, jak na standardy niezależnej wytwórni muzycznej.
W 2005 roku Mr. Lif powrócił do współpracy z Akrobatikiem, tworząc wspólnie z nim i z producentem Fakts One zespół The Perceptionists, który pod szyldem Definitive Jux wydał album Black Dialogue. Rok później wydał własny album, Mo' Mega, z gościnnym udziałem El-P, MURSa, Aesop Rocka i Blueprinta. Album I Heard It Today, wydany w 2009 roku przez Bloodbot Tactical Enterprises, zawierał jedne z najbardziej ostrych tekstów w jego karierze.