Szczytowe lata rozwoju placówki datuje się na początek XX wieku. W tym czasie działała ona jako zwykłe wydawnictwo na wolnym rynku, publikując książki dla szerokiej publiczności, z których wiele stało się bestsellerami; jednocześnie pełniła również rolę Akademii Nauk, pielęgnując kulturę elitarną i utrzymując bliskie kontakty z Chorwacką Akademią Nauki i Sztuki w Zagrzebiu, Serbską Akademią Nauk i Sztuk w Belgradzie oraz podobnymi instytucjami w Pradze, Krakowie, Londynie i Peterburgu.
W czasie I wojny światowej Macierz Słoweńska została zamknięta, a jej majątek skonfiskowany przez władze Austro-Węgier. Domniemaną przyczyną była publikacja książki Gospodin Franjo („Pan Franjo”) słoweńskiego autora i oficera armii austro-węgierskiej Fran Maselja (pseudonim: Podlimbarski), będącej silną satyryczną krytyką austro-węgierskiej okupacji Bośni i Hercegowiny.