W dniu 12 listopada 1592 Collegium Melitense zostało formalnie ustanowione aktem prawnym zatytułowanym „Instrumentum Fundationis Collegii”, który został sporządzony przez notariusza Giacomo Sillato i poświadczony przez wielkiego mistrza Hugues’a Loubenxa de Verdalle, biskupa Tomasa Gargallo, inkwizytora Ludovico dell'Armi i jezuitę ks. Pietro Casatiego.
Kolegium zaczęło funkcjonować w 1593, wkrótce po ustaniu epidemii dżumy. Jego personel liczył początkowo 12 jezuitów. Utworzenie kolegium spotkało się ze sprzeciwem miejscowego duchowieństwa, które w tym samym roku zwróciło się do papieża o przeniesienie go do Mdiny. Mimo tego biskup Gargallo zapewnił fundusze i tymczasowe pomieszczenia nowej instytucji edukacyjnej w Valletcie. W latach 1595–1602 zbudowano stały kampus.
7 czerwca 1727 wielki mistrz Antonio Manoel de Vilhena wydał bullę, która nadała Collegium status uniwersytetu. Później instytucja była czasami nazywana „Academia Parthenia”, prawdopodobnie w nawiązaniu do Partheniosa z Nicei.