RSC Charleroi Ndongala podpisał kontrakt z RSC Charleroi 31 stycznia 2014 roku. Zadebiutował on w barwach tego klubu 8 lutego 2014 roku w meczu z KSC Lokeren (przeg. 3:1). Pierwszą bramkę piłkarz ten zdobył 3 maja 2014 roku w przegranym 2:1 spotkaniu przeciwko KV Kortrijk. Łącznie dla RSC Charleroi Kongijczyk rozegrał 83 mecze, w których strzelił 13 goli.
KAA Gent Ndongala trafił do KAA Gent 1 lipca 2016 roku. Debiut dla tego zespołu zaliczył on 4 sierpnia 2016 roku w starciu z Viitorulem Constanța (0:0). Ostatecznie dla KAA Gent Kongijczyk wystąpił 13 razy, nie zdobywając żadnej bramki.
Standard Liège Ndongala przeniósł się do Standardu Liège 30 stycznia 2017 roku. Zadebiutował on dla tego klubu 22 kwietnia 2017 roku w przegranym 1:0 starciu z KV Mechelen. Łącznie w barwach Standardu Liège Kongijczyk wybiegał na murawę 22 razy, nie strzelając ani jednego gola.
KRC Genk Ndongala w barwach KRC Genk grał od 31 stycznia 2018 do 30 czerwca 2018 na wypożyczeniu, a od 1 lipca 2018 roku jako zawodnik stały. Debiut dla tego zespołu zaliczył on 3 lutego 2018 roku w wygranym 0:1 spotkaniu przeciwko Royal Excel Mouscron, strzelając wtedy swojego premierowego gola.