Wraz z wybuchem wojny chińsko-japońskiej w 1937 i postępami Japończyków we wschodnich Chinach zbiory z Nankinu zostały przewiezione do Syczuanu. Powróciły one do Nankinu po zakończeniu wojny w 1947. Kiedy stało się jasne, że Kuomintang przegrywa wojnę domową, na przełomie 1948/1949 roku przewieziono wybrane 2972 skrzynie zbiorów z Nankinu na Tajwan. Stały się one zalążkiem późniejszego Narodowego Muzeum Pałacowego w Tajpej, otwartego w 1965. Stopniowo większość pozostałych zbiorów z Nankinu powróciła do Pekinu, chociaż do dzisiaj jest tam przechowywane 2221 skrzyń.
W trakcie tych dramatycznych lat, głównie dzięki wysiłkowi pracowników Muzeum, żadne obiekty nie zostały utracone, jednak jego kolekcja została rozproszona. Po zakończeniu wojny przystąpiono do renowacji zaniedbanych obiektów Zakazanego Miasta i ponownego ustanowienia ekspozycji. Muzeum po raz kolejny znalazło się w niebezpieczeństwie podczas rewolucji kulturalnej. W czerwcu 1966 na murach Zakazanego Miasta zaczęły pojawiać się napisy wzywające do jego zburzenia. 18 sierpnia tego samego roku na Placu Tian’anmen odbywała się olbrzymia demonstracja pod przewodnictwem Mao, podczas której po raz pierwszy ujawniła się Czerwona Gwardia.