Wydział Transportu Towarowego Transport towarowy jest głównym źródłem zysku spółki (stanowi 72% ogólnego zysku). Głównymi zadaniami wydziału są między innymi: transport kolejowy towarów, pasażerów, bagażu i poczty (por. Wydział Transportu Pasażerskiego), rozwój międzynarodowego transportu kolejowego; zapewnienie bezpiecznego i harmonijnego ruchu pociągów; organizacja ruchu pociągów na szlaku, zapewnienie zestawiania pociągów i przewozu ładunków zgodnie z planem podróży; zapewnienie terminowego i bezpiecznego dostarczania ładunków, bagażu i poczty; właściwe rozmieszczenie oraz efektywne wykorzystanie taboru; wykonywanie wszystkich planowych napraw okresowych i kontrola nad stanem taboru; utrzymanie prawidłowej pracy lokomotyw oraz zaplecza technicznego i infrastrukturalnego taboru lokomotywowego; kontrola nad przygotowaniem i realizacją działań na rzecz efektywnego wykorzystania zasobów paliwowych i energetycznych; opracowywanie rozkładów jazdy pociągów, zapewnienie realizacji rozkładów jazdy pociągów pasażerskich i towarowych; zarządzanie działalnością towarową i handlową na stacjach.