W 2016 została powołana przez premier Beatę Szydło na stanowisko prezesa Banku Gospodarstwa Krajowego. Wraz z pozostałymi członkami zarządu przygotowała i zrealizowała trzyletnią strategię 2017–2020, która pozwoliła bankowi mocniej skoncentrować się na kluczowych obszarach działalności. W tym czasie BGK wzmacniał aktywność poza granicami Polski i otworzył przedstawicielstwa zagraniczne w Londynie, Brukseli, Frankfurcie i Amsterdamie.
Beata Daszyńska-Muzyczka jest także pomysłodawczynią i inicjatorem powołania Funduszu Trójmorza i od 2019 pełni w nim funkcję przewodniczącej rady nadzorczej. BGK jest jego współzałożycielem. Celem Funduszu jest rozwój infrastruktury w państwach regionu Trójmorza poprzez finansowanie projektów transportowych, energetycznych i cyfrowych, co ma wspierać integrację i spójność gospodarczą całej UE. 4 lipca 2023 została mianowana Ambasadorem – specjalnym przedstawicielem Prezydenta RP do spraw Inicjatywy Trójmorza.
Beata Daszyńska-Muzyczka jest pomysłodawczynią inicjatywy 3W: woda, wodór, węgiel, realizowanej przez Bank Gospodarstwa Krajowego.