Zniszczenie tych obiektów doprowadziło do surowych represji wobec ludności cywilnej, zwłaszcza w okupowanym od końca stycznia 1942 roku Balikpapanie, w wyniku czego stracono całą ludność europejską – od 80 do 100 osób. Obiekty zostały następnie naprawione i w latach 1943–1944 Borneo stało się jednym z głównych źródeł ropy naftowej dla japońskiej machiny wojennej.
W latach 1943 i 1944 alianci usiłowali zmniejszyć japońską produkcję ropy na Balikpapanie za pomocą uderzeń sił powietrznych. Pierwsze strategiczne naloty bombowe rozpoczęły się w październiku 1943 roku w wykonaniu amerykańskich bombowców B-24 Liberator, które leciały tam 17 godzin z baz pod Darwin w Australii. Kolejne naloty miały miejsce w grudniu 1943 roku i styczniu 1944 roku. We wczesnych miesiącach 1944 roku latające łodzie Catalina z Royal Australian Air Force przeprowadziły serię bardzo udanych operacji zaminowania, które zmniejszyły produkcję obiektów na Balikpapanie o około 40 proc. Pod koniec września i na początku października 1944 roku amerykańska 13 i 5 Armia Powietrzna rozpoczęły naloty bombowe na dalekim dystansie, startując z Noemfoor.