Warunki przyrodnicze Jezioro Pierzchalskie ma urozmaiconą linię brzegową, szczególnie w części południowej. Na jeziorze znajdują się dwie wyspy, z których większa położona jest blisko wpływu Pasłęki. W tej okolicy występuje też licznie pływająca i zanurzona roślinność wodna, przez którą przebija się nurt rzeki. Druga wyspa znajduje się około 500 m poniżej przystani należącej do Nadleśnictwa Zaporowo, w pobliżu ścieżki dydaktycznej. Jezioro jest odwiedzane przez wędkarzy ze względu na dobre warunki do połowu ryb. Most drogowy na drodze powiatowej 1330N w okolicy miejscowości Trąbki spina dwa stoki dawnej doliny rzecznej w jej największym przewężeniu. Na terenie zalewu znajduje się niestrzeżone kąpielisko, dzikie plaże i liczne stanowiska do połowu ryb.
Jezioro Pierzchalskie stanowi również zbiornik retencyjny o pojemności powodziowej ok. 4 mln m³.
Ze zbiornika Pasłęka wypływa dwoma ramionami – prawe ramię, płynące w naturalnej dolinie Pasłęki odprowadza niewielką ilość wody, z wyjątkiem zrzutów wody w okresach powodziowych.