W 1946 otrzymał od generalnego przełożonego kongregacji dekret nominacyjny na prowincjała w Polsce i polecenie zorganizowania prowincji kongregacji.
Uwięzienie Dla lokalnych przedstawicieli władzy państwowej ksiądz Wojaczek był osobą podejrzaną, zwłaszcza ze względu na utrzymywanie przez niego kontaktów z centralą zakonną, znajdującą się za granicą. Konsekwencją tego było aresztowanie Wojaczka przez Urząd Bezpieczeństwa jesienią 1952 roku. Sprawa prokuratorska o sygn. Pr II 15/53 wpłynęła do kancelarii opolskiego WSR 2 marca 1953, gdzie nadano jej sygn. Sr 28/53. Wojaczek przebywał w areszcie od 28 września 1952. Ostatecznie został skazany na sześć lat więzienia oraz utratę praw publicznych i obywatelskich praw honorowych na okres trzech lat i przepadek całego mienia. Na podstawie amnestii, wyrok zmniejszono do czterech lat. Skazany odwołał się od wyroku, ale Najwyższy Sąd Wojskowy podtrzymał wyrok i akta wróciły z Warszawy 29 kwietnia 1953. Wojaczka zwolniono warunkowo 18 marca 1955 roku.