Choć jego najwcześniejsze prace powstały pod wpływem piktorializmu, szybko zaczął tworzyć fotografie o większej ostrości. W swej twórczości Funke łączył elementy konstruktywizmu i funkcjonalizmu z surrealizmem i komentarzem społecznym. W 1922 roku rozpoczął eksperymenty fotograficzne tworząc geometryczne martwe natury. Cztery lata później stworzył cykl surrealistycznych fotografii wystaw sklepowych nawiązujących do fotografii Eugèneʼa Atget. Jego martwe natury z lat 20. należą do najbardziej radykalnych przykładów dążenia do abstrakcji w fotografii.
Funke wywarł wpływ na kształtowanie się czeskiej fotografii nie tylko swoimi pracami artystycznymi, ale i tekstami teoretycznymi i krytycznymi oraz poprzez organizację środowiska i pracę pedagogiczną. W 1929 roku nawiązał współpracę z redakcją publikacji Devětsilu, przez kilka lat sprawował także funkcję redaktora magazynu „Fotografický obzor”. W pierwszej połowie lat 30. zaczął wykładać fotografię w Bratysławie, po czym w połowie tej dekady został wykładowcą na uczelni Státní grafická škola w Pradze, gdzie uczył do 1944 roku. Podczas pobytu w Bratysławie dołączył do lewicowej grupy Sociofoto, której celem była dokumentacja warunków życiowych ubogich warstw społeczeństwa.