Drugi z podgatunków został opisany przez Oscara Neumanna w oparciu o samicę pozyskaną 8 czerwca 1913. Znajdowała się w zbiorach Bürgersa w Muzeum Historii Naturalnej w Berlinie.
Opisany został również podgatunek A. s. ducalis Mayr, 1931, który nie jest uznawany przez wspomniane autorytety. Został zsynonimizowany z A. s. stephaniae. Różnice między ptakami podgatunku nominatywnego a A. s. feminina są niewielkie. Pratt & Beehler (2016) utrzymali podział astrapii lśniącej na dwa podgatunki. Ich zdaniem A. s. feminina powinna zostać włączona do podgatunku nominatywnego, tym samym czyniąc astrapię lśniącą gatunkiem monotypowym.
Filogeneza Astrapia lśniąca to gatunek siostrzany wobec astrapii białosternej (A. mayeri). Klad bazalny stanowi wobec nich astrapia żabotowa (A. rothschildi). Do 2017 roku dostępne były 4 badania filogenetyczne i filogenomiczne, których wyniki pozwalają określić moment wydzielenia się linii rozwojowych tych trzech taksonów. Astrapia żabotowa oddzieliła się między 4,4 a 2,82 mln lat temu. A. stephaniae i A. mayeri rozdzieliły się między 0,5 a około 0,3 (0,283) mln lat temu.