W 1986 został przeniesiony do Lublina, gdzie do 1988 był szefem służb technicznych 3 Dywizji Zmechanizowanej. W 1989 ukończył Podyplomowe Studia Operacyjno-Strategiczne w Akademii Sztabu Generalnego WP. W 1990 powierzono mu stanowisko szefa służb technicznych – zastępcy dowódcy 1 Dywizji Zmechanizowanej w Legionowie. Kierowany przez niego pion dwukrotnie był najlepszym w Warszawskim Okręgu Wojskowym. W tym samym roku, po awansie na pułkownika został skierowany do Dowództwa WOW, gdzie był przez osiem lat, pełnił funkcję szefa oddziału eksploatacji, a następnie od 1991 do 1992 szefa sztabu – zastępcy szefa Służb Technicznych. W okresie 1992–1993 szef Służb Technicznych – zastępca dowódcy WOW, a od 1993 do 1995 szef Logistyki WOW.
11 listopada 1995 Prezydent RP Lech Wałęsa mianował go na stopień generała brygadyTomasz Honkisz. Kronika – przegląd wydarzeń. „Wojskowy Przegląd Historyczny”. 2/96.. Od stycznia 1999 był komendantem Rejonu Logistycznego Warszawa, następnie w tym samym roku został wyznaczony na stanowisko szefa Zarządu Materiałowo-Technicznego w Generalnym Zarządzie Logistyki Sztabu Generalnego WP. W lipcu 2000 został wyznaczony na stanowisko szefa Logistyki Wojsk Lądowych. Był współautorem programu technicznego modernizacji Wojsk Lądowych oraz nowego modelu logistyki tego rodzaju sił zbrojnych.