Aby uniknąć dalszych ataków Józef Wójcik skierował samolot w obszar największej koncentracji ognia przeciwlotniczego nad Wilhelmshaven, co zniechęciło myśliwce Luftwaffe do kontynuowania pościgu.
W listopadzie 1941 roku Józef Wójcik wykonał trzydziesty lot bojowy i zakończył pierwszą turę bojową. Objął funkcję oficera wyszkolenia 301 dywizjonu bombowego, a w styczniu 1942 roku został skierowany na wypoczynek do 18 OTU na stanowisko instruktora pilotów bombowych. W nocy z 30 na 31 maja wziął udział w pierwszym w historii nalocie „tysiąca bombowców” (Operacja „Millennium”), którego celem była Kolonia. Po tym nalocie powrócił do pracy instruktora. We wrześniu został przydzielony do 300 dywizjonu bombowego „Ziemi Mazowieckiej", gdzie rozpoczął drugą turę lotów bojowych. W nocy z 10 na 11 września wykonał pierwszy lot bojowy na bombardowanie Düsseldorfu, z 5 na 6 października bombardował cele w Akwizgranie. W nocy z 13 na 14 października 1942 roku wystartował na samolocie Wellington Mk IV BH-K (nr Z1250) na szósty lot bojowy w drugiej turze na bombardowanie portu w Kilonii. Maszyna została prawdopodobnie zestrzelona nad Morzem Północnym przez nocne myśliwce, ciał załogi nigdy nie odnaleziono.