Choć miał to być krok jedynie tymczasowy i kortezy nawarskie postulowały powrót trybunału do Pampeluny, po wyparciu wojsk francuskich Rada Najwyższej i Generalnej Inkwizycji (Suprema) zadecydowała, że Calahorra pozostanie główną siedzibą trybunału, z jurysdykcją nie tylko nad Nawarrą, ale także diecezją Calahorry i prowincjami baskijskimi.
W latach 1524–25 sąd najwyższy Nawarry oddelegował jednego ze swych sędziów do przeprowadzenia procesów domniemanych czarownic w dolinach Roncal i Salazar. Doszło do około 30 egzekucji, po czym inkwizytorzy Nawarry, którzy przeprowadzali właśnie wizytację górskich regionów królestwa, również włączyli się do procesów o czary. Jednakże Suprema wysłała do Nawarry swojego inspektora i zażądała przedstawienia akt procesowych. Na podstawie wyników inspekcji w grudniu 1526 Suprema wydała ogólne zalecenia dla trybunałów inkwizycyjnych w sprawie procesów o czary. Zalecały one umiar i rozwagę, sceptycznie odnosiły się do zarzutów stawianych czarownicom (choć nie negowały ich całkowicie) i kładły nacisk głównie na katechizację lokalnych społeczności, a nie na represje.