2006 rok był końcem produkcji wersji S16 oraz RC. W 2007 roku zakończono produkcję 206cc oraz 206 SW.
Na początku 2009 roku zaprezentowano zmodernizowaną odmianę tego modelu, nazwaną Peugeot 206+. Zmiany objęły głównie nadwozie samochodu, gdzie zastosowano zderzak przedni oraz lampy nawiązujące do ówczesnej linii stylistycznej firmy Peugeot. W tylnej części nadwozia zastosowano nowy zderzak oraz tylne światła o zmienionym wzorze klosza. We wnętrzu odświeżono deskę rozdzielczą.
Po zakończeniu produkcji w Europie, w Chinach znacznie przestylizowany Peugeot 206 jest sprzedawany jako Citroën C2 (model ten nie ma nic wspólnego z europejskim Citroënem C2).
Seryjne wersje wyposażeniowe od października 2005
XR XR Presence X-Line / X-Line Clim XT XT Premium XS S16 (na niektórych rynkach jako GTI) RC (z kierownicą po prawej stronie jako GTI 180) Quiksilver (w kooperacji z australijską firmą o tej samej nazwie) Roland Garros
Seryjne wersje wyposażeniowe od października 2005
Urban Trendy
Specjalne wersje wyposażenia