Honda FC, zajął miejsce w pierwszej dywizji nowo utworzonej Japan Football League (JFL) w 1992 i zajęli 9. miejsce na 10 możliwych, co skończyło się spadkiem do niższej dywizji. W 1993 drużynie udało się wywalczyć mistrzostwo niższej dywizji. Dwie dywizje JFL zostały połączone w 1994 i klub dołączył do ligi.
Dwa lata później, w 1996, trenerem został Brazylijczyk Júlio Espinosa, a klub wygrał mistrzostwo JFL. Wskutek tego, klub po raz drugi starał się być przejść na zawodowstwo. Udało im się dołączyć do J.League, pod nową nazwą , jako członek stowarzyszony. Rozmowy o dołączeniu zostały zatrzymane, ze względu na stadion niespełniający wymogów. W odpowiedzi na to, w stadion zostało zainwestowane 5 miliardów jenów. Jednak w tamtym czasie w Japonii pojawił się kryzys finansowy, przez co w Hamamatsu, które jest przemysłowym miastem, wśród kibiców dominował negatywny obraz udziału Hondy w J.League. Z tego względu zarząd doszedł do wniosku, że był to „zły czas” na taką decyzję i wycofał się z tego pomysłu. Następnie, zgodnie z polityką centrali Hondy, liczba zawodowych graczy została zmniejszona, a zespół stopniowo zaczął się zmieniać w tzw. „kompletny zespół amatorski”, w którym wszyscy gracze również angażują się w biznes jako pracownicy Hondy.
W 1999 JFL została zreorganizowana.