Struktura funkcjonalna GIS Geograficzny system informacyjny składa się z kilku grup programów (modułów) realizujących odrębne funkcje. Są to: procedury wprowadzania i weryfikacji danych wejściowych, procedury zarządzania i przetwarzania w obrębie bazy danych (system zarządzania bazą danych), procedury przetwarzania i analizy danych geograficznych, procedury wyjściowe: prezentacji graficznej, kartograficznej i tekstowej danych, procedury komunikacji z użytkownikiem.
Moduły funkcjonalne typowego GIS Wprowadzanie danych Źródłem danych wejściowych dla GIS mogą być wszystkie informacje, zebrane w dowolnej formie: mapa, ortofotomapa (zdjęcie lotnicze), obraz satelitarny, ankiety statystyczne, dokumenty z pomiarów geodezyjnych i obserwacji terenowych, jak również wszelkiego rodzaju informacje zapisane w postaci cyfrowej.
Dane wprowadzać można za pomocą skanerów. Umożliwia natychmiastową wektoryzację danych, z drugiej zaś strony metoda ta jest wysoce czasochłonna, a co za tym idzie – droga. Innym rozwiązaniem jest wektoryzacja map i dokumentów po uprzednim ich zeskanowaniu. Wektoryzacja jednak jest procesem bardzo złożonym. Żadna metoda nie pozwala jednak na pełną automatyzację.