Poglądy i publikacje W 1970 wraz z Warrenem Demianem Manshellem założył i współredagował (do 1977) dwumiesięcznik „Foreign Policy”. Pierwszą ważniejszą publikacją książkową była praca z 1957 The Soldier and the State. The Theory and Politics of Civil-Military Relations (Żołnierz i państwo. Teoria i polityka stosunków cywilno-wojskowych) – choć budziła, po opublikowaniu, wiele kontrowersji, to dziś uznawana jest za najbardziej wpływową książkę na temat cywilno-wojskowych stosunków w Ameryce. Duże uznanie zyskała praca z 1968 Political Order in Changing Societies (Ład polityczny w zmieniających się społeczeństwach), która rzuciła wyzwanie konwencjonalnym poglądom opartym na teorii modernizacji (teoria ta zakłada, że postęp ekonomiczny i społeczny, w niedawno zdekolonizowanych krajach, prowadzi do stabilnych demokracji).
Huntington, będąc konsultantem amerykańskiego Departamentu Stanu, napisał w 1968 artykuł w dwumiesięczniku „Foreign Affairs”, w którym zalecał, aby doprowadzić do skupienia wiejskiej populacji Wietnamu Południowego w celu izolacji Vietcongu. Był też współautorem raportu The Crisis of Democracy. On the Governability of Democracies (Kryzys demokracji.