W latach 80. XVII wieku zaprzyjaźnił się z Johnem Lockiem podczas jego pobytu w Niderlandach, którego przekonał, by napisał swój słynny List o Tolerancji, który potem Locke zadedykował właśnie Limborchowi.
Teologia van Limborcha i jej oddziaływanie Jako teolog dokonał z jednej strony podsumowania, ale także radykalnej reinterpretacji teologii remonstranckiej w duchu oświeceniowego racjonalizmu. Uważał, że każdy z Kościołów w swoim nauczaniu zawiera cząstkę prawdy, uznawał za właściwy zarówno system episkopalny, jak i prezbiteriański w kościele. Uważał, że cuda Jezusa da się wytłumaczyć racjonalnie, ale i tak potwierdzają jego boską naturę, natomiast metafizyczne znaczenie przypisały im późniejsze pokolenia. Odrzucał predestynację i twierdzenie, że Bóg jest autorem zła, uważał, że Kościół jest wspólnotą wiary jego członków i nie jest definiowany poprzez wierność tym czy innym dogmatom. Choć uznawał dogmat o Trójcy Świętej, to pod wpływem braci polskich wiarę w niego nie uważał za niezbędną do bycia chrześcijaninem.