A kiedy zacząłem grać, nigdy nie wypadłem ze składu".
Conte widział w nim ogromny potencjał, szczególnie doceniając fakt, że był jedynym lewonożnym obrońcą w całej defensywie Interu – idealnie pasującym do jego ustawienia 3-5-2. Debiut w barwach Nerazzurrich nastąpił 28 września 2019 roku w wygranym 3:1 meczu z Sampdorią w Genui. Od tego momentu zaczął regularnie pojawiać się w składzie i w wieku zaledwie 20 lat stał się podstawowym zawodnikiem.
W sezonie 2019/20 rozegrał 25 meczów ligowych dla Interu, strzelając dwa gole. Jego statystyki były imponujące: zaliczył 1254 podania, 105 długich piłek i 11 udanych dryblingów. Stworzył również 12 sytuacji bramkowych. W defensywie wygrał 133 pojedynki, 47 pojedynków powietrznych i zanotował 135 odbitek. Inter zakończył sezon na drugim miejscu w Serie A z 82 punktami – najlepszym wynikiem od sezonu 2009/10.
Sezon 2020/21 – Mistrzostwo Włoch Sezon 2020/21 był przełomowy zarówno dla Bastoniego, jak i dla całego Interu. Nerazzurri zdobyli Scudetto po 11 latach przerwy, kończąc tym samym dziewięcioletnią dominację Juventusu.