Kolejne kontrowersje pojawiły się, ponieważ kościół był zdecydowanie przeciwny cmentarzom religijnie mieszanym.
Cmentarz został zaprojektowany przez maltańskiego architekta Emanuele Luigiego Galizię i był to jego pierwszy duży projekt rządowy. Galizia zaprojektował później dwa inne ważniejsze cmentarze: katolicki cmentarz Addolorata i muzułmański turecki cmentarz wojskowy. Prace na cmentarzu rozpoczęto w 1855 wraz z budową murów granicznych. Władze wojskowe musiały zatwierdzić jego projekt, aby mieć pewność, że cmentarz nie zagrozi fortyfikacjom. Cmentarz został oficjalnie otwarty w październiku 1857, lecz otwarcie nie zostało ogłoszone w lokalnych mediach. Przebudowa sąsiedniej drogi w 1861 doprowadziła do przeniesienia pobliskiego cmentarza katolickiego, co umożliwiło rozbudowę cmentarza Ta' Brexia. Ekspansję na południe podjęto w 1879, a kolejna duża rozbudowa miała miejsce w 1889.
W drugiej połowie XIX wieku cmentarz stał się głównym miejscem pochówku brytyjskiego garnizonu. Trzy ciała wydobyte z zatopionego w 1908 po katastrofie w Grand Harbour SS „Sardinia” zostały pochowane na Ta' Braxia.