Obrady Synod obradował od 13 listopada 1618 roku do 29 maja 1619 roku na 180 sesjach. Na przewodniczącego synodu wybrano ultrakonserwatywnego Johannesa Bogermana z Fryzji.
Remonstranci, kierowani przez Episcopiusa, próbowali obrócić synod w debatę na temat dogmatów predestynacji, ale ich propozycję odrzucili zarówno obserwatorzy ze Stanów Generalnych, jak i sami obradujący i Synod stał się de facto sądem nad remonstrantami. Po długich sporach proceduralnych remonstranccy duchowni zostali usunięci z obrad synodujących na 57 sesji Synodu 14 stycznia 1619. W proteście przeciw temu razem nimi opuścili obrady także remonstranccy delegaci z Utrechtu. Od tej pory obrady toczyły się spokojnie, choć remonstranckim delegatom nakazano poczekać do końca obrad synoduIbid, s. 96–98..