W okresie jego urzędowania do rejestru zabytków został wpisany między innymi dworzec kolejowy w Otwocku, oficyna Burkego przy Kawęczyńskiej 26 w Warszawie oraz cmentarz choleryczny w Warszawie.
Jako wojewódzki konserwator Rafał Nadolny krytykowany był za kilkakrotne wpisanie do rejestru zabytków tylko fragmentów budynków, w tym między innymi gmachu Domu Wydawniczego "Bellona" przy ul. Grzybowskiej 77 i piekarni Teodora Rajcherta przy Grochowskiej 224 w Warszawie. Kontrowersje wzbudziło również usunięcie przez Nadolnego z ewidencji zabytków obiektów powojennych uznanych za dobra kultury współczesnej. W ten sposób ochrony pozbawione zostały między innymi pochodzące z lat 60. XX wieku budynki Ściany Wschodniej czy otoczenie ronda Waszyngtona w Warszawie. Nadolny odmówił również wpisu do rejestru zabytków powojennych obiektów na Saskiej Kępie, o co zabiegali społecznicy, a także wpisania do rejestru zabytków przedwojennej kamienicy przy ul. Waliców 14 w Warszawie, argumentując, że obiekt nie posiada szczególnych wartości. Nadolny odmówił również wpisania do rejestru zabytków kamienicy przy ul. Ciepłej 3 w Warszawie, w której przyszedł na świat ks. Ignacy Skorupka, oraz rozebranego później dworku przy ul. Grochowskiej 314 w Warszawie.