Historia Według późniejszego przekazu franciszkanie przybyli do Torunia w 1239 roku. W 1243 roku w klasztorze odbył się synod z udziałem legata papieskiego Wilhelma z Modeny, więc zapewne do tego czasu zdążono wznieść już jakieś zabudowania. Informacje o najstarszych pochówkach w kościele pochodzą z lat 70. XIII w. W ciągu XIII i XIV w. rozbudowywano kościół i klasztor, a zakonnicy utrzymywali dobre stosunki z zakonem krzyżackim. Od początku XVI w. można zaobserwować rosnące wpływy reformacji i spadek liczby nowych zakonników. W połowie XVI w. przyległy do kościoła klasztor przeszedł na własność miasta. Od 1557 roku kościół był użytkowany przez protestantów. W 1565 roku umieszczono tutaj szkołę ewangelicką, którą w 1568 roku przekształcono w gimnazjum, które zreformowane przez Henryka Strobanda stało się szkołą o bardzo wysokim poziomie. Z kościołem związany był teolog i kaznodzieja luterański Piotr Artomiusz (w Toruniu od 1586 r. do śmierci w 1609 roku). Od XVI wieku w kościele byli chowani przedstawiciele patrycjatu Torunia wyznania ewangelickiego, po 1724 roku również polską szlachtę. W 1636 roku w kościele pochowano siostrę króla Polski Zygmunta III Wazy, Annę Wazównę, zmarłą w 1625 roku.