Zostało otwarte dla publiczności 24 lipca 1838, w dniu imienin królowej Marii Krystyny. Szybko zostało zamknięte, aby ponownie otworzyć 2 maja 1842. Z braku czasu i funduszy obrazy nie zostały odrestaurowane, wiele nie było eksponowanych, zostały wręcz niedbale ułożone i porzucone. W 1862 roku wicedyrektorem muzeum został krytyk i historyk sztuki Gregorio Cruzada Villaamil, który otrzymał zadanie przejrzenia inwentarzy i dokładniejszego skatalogowania kolekcji. Do tego czasu istniała jedynie bardzo krótka lista sporządzona w 1854 roku. Jego katalog ukazał się w 1865, opisywał jednak tylko niewielką częścią kolekcji, uważaną przez niego za najbardziej wartościową. Spośród 1733 obrazów, które pojawiają się w inwentarzu z 1854, skatalogował jedynie 603, zaznaczając, że kolekcja infanta Sebastiana Gabriela została mu zwrócona w 1861.