Problemy pogłębiła niesprawna realizacja polityki kolejowej, brak spójności i odpowiedniej koordynacji ze strony regulatorów i wykonawców odpowiedzialnych za rozwój tego rodzaju transportu, duże obciążenia eksploatacyjne FCN oraz służb instytucjonalnych, administracyjnych i finansowych usług publicznego transportu kolejowego, które ze względu na wysokie koszty pochłonęły duży procent zasobów sektora ze szkodą dla inwestycji i ochrony sieci.
W 1988 r. rozpoczęto restrukturyzację kolumbijskiego sektora kolejowego, rozdzielając funkcje utrzymania i eksploatacji. W ramach tej restrukturyzacji przedsiębiorstwo Ferrocarriles Nacionales de Colombia zostało zlikwidowane w 1991. Powstała państwowa spółka kolejowa La Empresa Colombiana de Vías Férreas – Ferrovías, powiązana z Ministerstwem Robót Publicznych i Transportu w celu eksploatacji, ulepszania, utrzymania, rewitalizacji, modernizacji i administrowania krajową siecią kolejową. Pozwoliło to na tworzenie spółek mieszanych o charakterze państwowym, których celem było spełnienie kryteriów komercyjnych przez kolejową usługę transportu zbiorowego.