Mori nie zezwolił jeńcom na przeniesienie latryn bliżej morza. Nie mogli oni nawet myć w morzu swoich naczyń kuchennych. W konsekwencji w czasie intensywnych deszczów rowy pełniące funkcję latryn przelewały się, a ekskrementy pływały po całym obozie. Poważnym problemem było zdobycie wody zdatnej do picia. Jeńcy musieli gromadzić deszczówkę lub gotować wodę zaczerpniętą z rzeki, która przepływała niedaleko obozu. Japończycy nie zezwolili przy tym na czerpanie wody z jej dalszych odcinków, mniej narażonych na zanieczyszczenie. Jeńcom we znaki dawała się także plaga much.
Złe traktowanie i fatalne warunki bytowe powodowały, że jeńcy błyskawicznie tracili siły. Do 20 maja, a więc w ciągu zaledwie dwóch tygodni od przybycia jeńców na Haruku, zmarło 15 żołnierzy, a zaledwie 600 pozostawało zdolnych do pracy. Bardzo szybko wybuchła epidemia dyzenterii. Pod koniec maja odnotowano pierwsze przypadki pelagry i szkorbutu. W obozie szerzyły się ponadto rozmaite choroby skóry, w tym tropikalne owrzodzenia. W szczytowym momencie w obozowym szpitalu przebywało ponad 1300 jeńców, a wielu innych musiało codziennie udawać się tam na opatrunek. Do końca czerwca zmarło 189 jeńców, większość z powodu dyzenterii. Do końca lipca liczba ofiar wzrosła do 243.