Do października udało się także opanować epidemię dyzenterii, aczkolwiek jeńcy nadal licznie umierali na skutek pelagry i beri-beri.
W kolejnych miesiącach w obozie nastąpiły duże zmiany. Z pomocą nowo przybyłych jeńców zbudowano nowy szpital z trzema salami, nowe chaty mieszkalne, a także studnię i drogi z rowami melioracyjnymi. Japończycy zezwolili także jeńcom na uprawę ogródków warzywnych oraz na zainstalowanie piecyków do gotowania w chatach mieszkalnych.
W listopadzie Japończycy przychylili się do próśb Pittsa i zgodzili się ewakuować z Haruku najciężej chorych jeńców. Decyzja ta miała jednak tragiczne konsekwencje. Chorych przeniesiono najpierw na pobliski Ambon, skąd następnie 550 Brytyjczyków i Holendrów zabrano na Jawę na pokładzie statku „Suez Maru”. 29 listopada, cztery dni po opuszczeniu portu, statek został storpedowany przez amerykański okręt podwodny USS „Bonefish”. Ci jeńcy, którzy przeżyli jego zatonięcie, zostali wymordowani ogniem broni maszynowej przez załogę japońskiego trałowca. Żaden nie ocalał. Z kolei 280 pacjentów z Haruku, których ewakuowano na pokładzie innego statku, dotarło 21 grudnia na Jawę.