Klasztor był też ważnym centrum religijnym, a licznych pielgrzymów przyciągały relikwie krwi Chrystusa, przekazane klasztorowi w 1094 przez Welfa IV i jego żonę Judytę flandryjską. Najpóźniej w 1191 klasztor trafił w ręce Hohenstaufów. Został też bezpośrednio podporządkowany cesarzowi (najpóźniej w 1274), jednak po wymarciu Hohenstaufów musiał walczyć o swą niezależność z wójtami cesarskimi. Po okresie stagnacji kolejny okres rozwoju klasztoru rozpoczął się w XV w. Jego przejawem był intensywny ruch budowlany obejmujący nowe zabudowania klasztorne z pierwszej połowy XV w. i początku XVI w.

Na przełomie XVI i XVII w. funkcję opata pełnił Georg Wegelin, niekiedy określany mianem „drugiego założyciela”. Wprowadził duże zmiany w życiu klasztornym, wcielając w życie ideały chrześcijańskie. W klasztorze rozkwitała nauka dzięki studiom zakonników na założonym w 1622 związanym z benedyktynami uniwersytecie w Salzburgu – mieszkał tu i działał m.in. Gabriel Bucelinus. Rozkwitał kult relikwii krwi Chrystusa – obchodzono uroczyście ważne rocznice z nimi związane (m.in.