Po rozbiorach władze pruskie najpierw zabroniły przyjmować nowych zakonników, natomiast w 1836 roku dokonały kasacji klasztoru. Przez kilka lat mieścił się w nim zakład dla emerytów, następnie szkoła, aż wreszcie zabudowania zostały sprzedane Konstancji Mielżyńskiej z Chobienic – z rodziny, która miała tutaj groby swoich przodków. Większa część klasztoru została rozebrana, natomiast w 1926 roku świątynia uznana została za ruinę i zabroniono w niej odprawiania nabożeństw. Polska Ludowa potraktowała ten obiekt jako mienie prywatne i upaństwowiła – zabytkowe wyposażenie zostało przeniesione do okolicznych świątyń i do Poznania, z kolei klasztor został przekazany do administrowania Nadleśnictwu Podłoziny.
Długoletnie starania o należne zainteresowanie się tym wartościowym zabytkiem w końcu przyniosły skutek. W 1976 roku zabudowania poklasztorne zostały przejęte przez władze kościelne i rozpoczęto remont. W okolicy brak jednak mieszkańców dla których można by tu erygować parafię. Prace ruszyły więc na dobre dopiero w 1978 roku, po przybyciu do Woźnik franciszkanów – zakonników z tej samej rodziny Braci Mniejszych co pierwotni gospodarze klasztoru (odłam zwany reformatami został zniesiony). Sporego wysiłku wymagało odzyskanie dawnego wyposażenia, które szczęśliwie zachowało się w innych świątyniach m.in. w Kościele św.