Daty 1714 i 1844 są nadal wyryte na wewnętrznej stronie dachu kościoła, upamiętniając dwie główne renowacje przeprowadzone na tym budynku.
Pierwotnie około 1570 kościół posiadał także pośrodku dachu dzwonnicę, na której były co najmniej cztery dzwony. Została ona rozebrana w lutym 1693, wkrótce po silnym trzęsieniu ziemi, które wstrząsnęło całą Maltą i spowodowało nieodwracalne szkody m.in. w kościele katedralnym w Mdinie i katedrze na Gozo.
W 1662 część klasztoru uległa zniszczeniu, więc zakonnicy zatrudnili mistrza Girgora Gerinaldo do jego rozbiórki. Znaczna część kamienia, który wciąż nadawał się do użytku, została wykorzystana do budowy nowego klasztoru w Mdinie. W 1747 to, co pozostało ze starego klasztoru, zostało całkowicie zburzone i zastąpione innym, znacznie mniejszym klasztorem. W latach 1844–1852 przeprowadzono gruntowną renowację budynku.
W 2018 przeprowadzony został gruntowny remont kościoła. W jego ramach usunięte zostały wszystkie zabytkowe obrazy i ruchomości, przeniesiono je bądź do klasztoru karmelitanek w Mdinie, bądź do kościoła karmelitów w Valletcie. Dokonano tego z różnych powodów, m.in.