W 1686 wykonano bogate barokowe wyposażenie wnętrza, również budynki klasztoru gruntownie przebudowano w tym stylu.
Po kasacie zakonu w 1810 zabudowania klasztorne mieściły od 1817 więzienie, zaś po jego przeniesieniu w 1852 w sąsiedztwo sądu na ul. Podwale długo niszczały, aż w końcu XIX wieku zdecydowano o ich wyburzeniu, a działki sprzedano. Powstały na nich dom handlowy oraz Hotel Monopol. W zachodniej elewacji kościoła przebito nowe wejście z neogotyckim portalem, a przed nim wytyczono niewielki plac Franciszkański.
W czasie II wojny światowej kościół uległ tylko nieznacznym uszkodzeniom i należy do najlepiej zachowanych średniowiecznych budynków Wrocławia. Po wojnie pełnił przez pewien czas rolę prokatedry wrocławskiej.
Sterczynowy szczyt świątyni stanowił wzór dla odbudowanej po wojnie w stylu gotyckim katedry św. Jana w Warszawie. W kościele i sąsiednim Hotelu Monopol powstało kilka scen filmu Popiół i diament.