Stan troficzny wody mierzony kombinacją niektórych parametrów (chlorofil, tlen rozpuszczony, fosfor całkowity i rozpuszczony azot nieorganiczny) wskazuje na wysoką jakość wody i brak istotnych zmian.
Morfologia dna morskiego Głębiny po obu stronach wyspy mają zupełnie inne cechy. Stronę otwartego morza charakteryzują skarpy o znacznym nachyleniu, które ciągną się w części zanurzonej i gwałtownie opadają na ponad 50 m nawet w niewielkiej odległości od brzegu. Silne prądy i silne działanie fal spowodowane przez mistral zapobiegają tworzeniu się znacznych osadów piaszczystych i kształtują wybrzeże jarami, żlebami i spękaniami. Jaskinia o znacznych rozmiarach znajdująca się w Cala di Peppe, jest nad poziomem morza na głębokości około 8 m i wysokości u wejścia około 10 m. Strona wschodnia charakteryzuje się generalnie niskimi wybrzeżami, głównie skalistymi, a czasem całkowicie piaszczystymi. Dno morskie w kierunku zatoki, przyjmując morfologię wynurzającej się części, ma tendencję do delikatnej degradacji do średniej głębokości typowej dla zatoki Asinara wynoszącej około 50 metrów. Obszar pomiędzy Punta Scorno i Punta Sabina ma cechy pośrednie między tymi typowymi dla obu stron.