Budząc się w nocy bohaterowie odkrywają, że w laboratorium doszło do przerażających wydarzeń – z laboratorium uciekł potwór – Jenova. Poza tym został zamordowany prezydent organizacji Shin-ra. Nie mając czasu na rozmyślania, po nierozstrzygniętej walce Clouda z synem prezydenta Shinry, Rufusem; bohaterowie uciekają z Midgar po budowanym odcinku autostrady.
Po wydostaniu się z miasta, cała grupa zbiera się w miasteczku Kalm, gdzie Cloud opowiada historię swojego życia. Wspomina w niej początki swojej służby w SOLDIER i tragiczną wyprawę do rodzinnego Nibelheim. Opowiada także o tajemniczej postaci Sephirotha, który ginie w tajemniczych okolicznościach. Opowieść Clouda kończy scena spalenia miasteczka przez Sephirotha.
Droga do Junon i powrót Sephirotha Po wysłuchaniu historii grupa wyrusza w długą wędrówkę do Junon. Gdy wreszcie docierają do miasta, okazuje się, że wejście wcale nie jest łatwe. Z pomocą uratowanej od utonięcia Priscilli, mieszkanki Dolnego Junon, Cloud dostaje się do górnej części miasta. Przebrany za żołnierza Shinry bierze udział w defiladzie na część Rufusa – nowego prezydenta organizacji. Po zakończeniu uroczystości dostaje się na statek, którym nowy prezydent udaje się za ocean.