Pierwszy lot ujawnił pewne problemy z nowym samolotem. Złym rozwiązaniem okazały się osobne owiewki kabin, które utrudniały komunikację między członkami załogi. Samolot miał problemy z lotem w linii prostej w osi poziomej („myszkowanie”). Wykryto nadmierne wibracje łopat śmigieł (szczególnie przy otwartej komorze bombowej) i skłonność do przegrzewania się silników z powodu zbyt małego przepływu powietrza przez chłodnice.
Drugi prototyp (43-50225) odbył pierwszy lot 1 sierpnia 1944 roku. Otrzymał nowsze silniki V-1710-129. Po pierwszym locie zmodyfikowano osłonę kabiny, wprowadzając jedną owiewkę zamiast dwóch osobnych. W grudniu 1945 roku samolot ten odbył lot z Long Beach w Kalifornii do Boiling Fields (niedaleko Waszyngtonu) ze średnią prędkością 697,8 km/h. 16 grudnia uległ zniszczeniu w katastrofie podczas kolejnego lotu testowego, załoga zdążyła opuścić samolot.
Dalsze losy thumb|left|XB-42A w locie Pomimo znakomitych osiągów nie zdecydowano się na rozpoczęcie produkcji seryjnej.