Produkcja mały|Leszek Bodzak, jeden z producentów filmu Żeby nie było śladów powstało w wytwórni Aurum Film, a jego producentami byli Leszek Bodzak i Aneta Hickinbotham. W charakterze koproducentów udział wzięły wytwórnie: Canal+ Polska; francuskie Les Contes Modernes, Arte France, Auvergne-Rhone-Alpes Cinema; czeskie Background Films, Magic Lab i Česká televize; wreszcie Mazowiecki i Warszawski Fundusz Filmowy. Film otrzymał dofinansowanie z Polskiego Instytutu Sztuki Filmowej w wysokości 1 miliona złotych, przy szacowanym budżecie 11 milionów złotych.
Za kanwę filmu posłużył głośny reportaż Cezarego Łazarewicza pod tym samym tytułem (2016), poświęcony zabójstwu młodzieńca Grzegorza Przemyka przez funkcjonariuszy komunistycznej Milicji Obywatelskiej, którzy uniknęli za swój czyn faktycznej odpowiedzialności karnej. Reżyser Jan P. Matuszyński, który zainteresował się reportażem Łazarewicza, postanowił utrzymać planowany film w konwencji amerykańskiego Nowego Hollywood z lat 70. XX wieku, nawiązując przede wszystkim do Wszystkich ludzi prezydenta (1976) Alana J. Pakuli, Rozmowy (1974) Francisa Forda Coppoli oraz Trzech dni Kondora (1975) Sydneya Pollacka.