Prezbiterium nakryte jest sklepieniem kolebkowym z lunetami. W centralnej części prezbiterium znajduje się ołtarz główny. Ołtarz został przeniesiony do tego kościoła razem z dwoma ołtarzami bocznymi, z kościoła Świętego Krzyża we Wrocławiu. Ten zabytkowy, barokowy ołtarz główny ufundowany został przez Kaspra Henryka V, oberkanonika katedralnego i dziekana Świętego Krzyża. Został odnowiony i częściowo zrekonstruowany po pożarze jego lewej części w 1942 roku. Umieszczone są w nim, pomiędzy kolumnami podpierającymi belkowanie, rzeźby świętych i aniołów. W polach bocznych z kolei znajdują się płaskorzeźby czterech Ewangelistów. W centrum tego ołtarza znajduje się obraz pochodzący z 1661 roku przedstawiający walkę św. Michała Archanioła (patrona świątyni i parafii) z szatanem. W zwieńczeniu tego ołtarza jest umieszczony obraz św. Józefa trzymającego na ręku Dzieciątko Jezus. Świątynia posiada również dwa ołtarze boczne pochodzące z 2. połowy XVII wieku, które także zostały przywiezione z wrocławskiej świątyni. I tak po lewej stronie jest umieszczony ołtarz z rzeźbą Matki Bożej Niepokalanej z 1700 roku. Postać Maryi nakryta jest granatowym płaszczem ze złotą oblamówką. Maryja ma złożone ręce, pochyloną głowę, na głowie ma koronę z gwiazd. Po bokach Matki Bożej, a właściwie nad jej głową, są umieszczone dwa aniołki.