Po zawieszeniu broni Gałąź Dawidowa zezwoliła na ewakuację zabitych i rannych agentów ATF i wstrzymali ogień podczas ich odwrotu.
thumb|250px|Dopalające się resztki kompleksu w którym dawidianie się bronili
Oblężenie FBI Agenci ATF nawiązali kontakt z Koreshem i innymi osobami wewnątrz kompleksu po tym, jak się wycofali. FBI przejęło akcję wkrótce po śmierci agentów federalnych, mianując Jeffa Jamara szefa biura terenowego Biura w San Antonio odpowiedzialnym za oblężenie jako dowódca miejsca. Zespołem ratowania zakładników FBI (Hostage Rescue Team) kierował dowódca HRT Richard Rogers, który wcześniej był krytykowany za swoje działania podczas incydentu w Ruby Ridge. Podobnie jak w Ruby Ridge, Rogers często wyprzedzał dowódcę miejsca w Waco i mobilizował zarówno zespoły taktyczne Blue, jak i Gold HRT w tym samym miejscu, co ostatecznie stworzyło presję, aby taktycznie rozwiązać sytuację z powodu braku rezerw HRT. Początkowo dawidianie kontaktowali się telefonicznie z lokalnymi mediami, a Koresh udzielał wywiadów telefonicznych. FBI przerwało komunikację Davida ze światem zewnętrznym. Przez następne 51 dni komunikacja z osobami w środku odbywała się telefonicznie przez grupę 25 negocjatorów FBI.