W 1529 r., po sejmie w Piotrkowie na którym potwierdzono inkorporację Mazowsza do Korony, została stolicą województwa mazowieckiego.

Mieszczaństwo warszawskie uzyskało wiele przywilejów i ułatwień podatkowych. W 1546 Królowa Bona, wdowa po Zygmuncie Starym, do czasu swego wyjazdu do Włoch w 1556 r., osiada w dworze jazdowskim w Warszawie. Coraz częściej w Warszawie bywał Zygmunt August, do czego skłaniała go bieżąca polityka. Kraków stawał się zbyt odległy, gdy w centrum zainteresowań politycznych znalazły się tereny północne i wschodnie. W 1568 r. przeniósł na stałe do Warszawy swój dwór i urzędy centralneM. Wrede, Warszawa i Zamek Królewski: na drodze do nowego centrum Rzeczypospolitej, w: Mówią Wieki Nr 7/2016, s. 29–33.. W 1569 r. na mocy ustaleń sejmu obradującego w Lublinie (unia lubelska), postanowiono, że odtąd Warszawa będzie stałą siedzibą sejmów walnych Korony i Wielkiego Księstwa Litewskiego, stolicą województwa mazowieckiego, a od 1573 także miejscem elekcji królów polskich. Do 1795 w Warszawie odbyło się 145 sejmów walnych.