W następnych kilkunastu miesiącach talibowie zdobyli 90% terytorium Afganistanu, a jedynym liczącym się przeciwnikiem był już tylko wsławiony walkami z wojskami radzieckimi Ahmad Szah Masud ze swoją tadżycką armią. W tym czasie do Afganistanu przybył Osama bin Laden. W 1998 roku USA zażądały jego wydania za zamachy w Kenii i Tanzanii, lecz talibowie odmówili. W sierpniu 1998 na jeden z obozów należących do organizacji bin Ladena spadły amerykańskie pociski typu Tomahawk. W listopadzie 1999 roku ONZ nałożyła na Afganistan sankcje ekonomiczne, również żądając wydania bin Ladena. Sankcje wzmocniono w styczniu 2001 roku (m.in. zakazem sprzedaży broni do Afganistanu).
Talibowie zostali obaleni w październiku 2001 roku poprzez inwazję wojsk NATO (głównie amerykańskich), pod których protektoratem funkcjonowała Islamska Republika Afganistanu, a następnie powrócili do władzy w sierpniu 2021 roku, po wycofaniu się wojsk sprzymierzonych.
Rząd Celem Islamskiego Emiratu Afganistanu w latach 1996-2001 było zwrócenie porządku Abdura Rahmana Chana poprzez przywrócenie państwa z dominacją Pasztunów na obszarach północnych.