Epizod w 3. Lidze Sezon 2020/2021 Viktoria Berlin zaczęła bardzo dobrze, wygrywając wszystkie 11 rozegranych meczów. 24 marca kluby Regionalligi Nordost, ze względu na sytuację pandemiczną w Niemczech, jednogłośnie głosowały za przedwczesnym zakończeniem sezonu i ogłoszeniem Viktorii mistrzem. Ostatecznie, 16 kwietnia, prezydium Północno-zachodniej Niemieckiej Federacji Piłkarskiej (NOFV) zakończyło przedwcześnie wszystkie rozgrywki od Regionalligi Nordost (4. poziom rozgrywkowy) w dół. Mistrzem tym samym została Viktoria Berlin, która awansowała do 3. Ligi.
Pierwszy mecz w 3. Lidze rozegrała 25 lipca 2021 roku. Pokonała w nim Viktorię Köln 2:1. Pierwszym strzelcem dla drużyny z Berlina na III poziomie rozgrywkowym został w 37. minucie Yannis Becker. Początek sezonu drużyna ze stolicy miała bardzo dobry, jednak ostatecznie zakończyła ona sezon na 17. pozycji tracąc 3 punkty do bezpiecznej lokaty.
Powrót na IV poziom ligowy i dwa spadki z rzędu Po powrocie do Regionalligi, zespół ze stolicy zakończył sezon 2022/2023 na 12. miejscu. W następnym sezonie zespół ze stolicy uplasował się na 3. pozycji. Trzeci sezon po spadku zakończył się zajęciem 17. miejsca w lidze i relegacją do Oberligi.