Likwidacji ulegają sekcje koszykówki kobiet (1988) i siatkówki kobiet (1991), sekcja hokeja na trawie, piłki ręcznej kobiet zostają przekazane, tak jak wcześniej III-ligowe sekcje piłki ręcznej mężczyzn, koszykówki mężczyzn i siatkówki mężczyzn, do Zarządu Środowiskowego AZS Katowice. Po rocznym „wygnaniu” w struktury Klubu powraca jedynie piłka ręczna kobiet, która obok sekcji akrobatyki sportowej, lekkiej atletyki, narciarstwa biegowego (od 1989) oraz szermierki tworzy jego nową strukturę. Decyzje te, choć bardzo bolesne, okazały się słuszne. W roku 2000 decyzją Zarządu Klubu powołano dwie nowe sekcje: biathlonu i pływania.
Złota era sportów zimowych
AZS AWF Katowice stał się przed wszystkim groźną konkurencją dla AZS Zakopane w sportach zimowych. W latach 2006-2014 zdominował polską reprezentację na zimowych igrzyskach olimpijskich. Do Turynu pojechało 10 zawodniczek i zawodników z Katowic, do Vancouver 13 osób, do Soczi – aż 21. Jeśli jednak chodzi o olimpijski dorobek medalowy, to w całości (pięć krążków) zdobyła go jedna zawodniczka, największa ówczesna gwiazda klubu – Justyna Kowalczyk: złoto w biegu na 30 km st. klasycznym (2010) i biegu na 10 km st. klasycznym (2014), srebro w sprincie (2010), brąz w biegu na 30 km st. dowolnym (2006) i w biegu łączonym na 15 km (2010).