Od 2016 pełniła funkcje wicepremiera (jako pierwsza kobieta w historii Samoa) oraz ministra zasobów naturalnych i środowiska.
Do 2020 Naomi Mataʻafa należała do Partii Ochrony Praw Człowieka (Human Rights Protection Party, HRPP), rządzącej krajem od 1982. We wrześniu 2020 zrzekła się stanowisk rządowych i członkostwa w HRPP, protestując przeciwko planom zmian w konstytucji, dotyczących Sądu Ziemi i Tytułów. Na początku 2021 wstąpiła do nowej partii Faʻatuatua i le Atua Samoa ua Tasi (FAST), w marcu 2021 została jej liderką.
Poza działalnością polityczną Naomi Mataʻafa reprezentowała Samoa w Radzie Wykonawczej UNESCO, a w latach 2006–2012 była prokanclerzem i przewodniczącą rady Uniwersytetu Południowego Pacyfiku. Na początku 2018 zapoczątkowała inicjatywę Women In Climate Change Network. Jest przewodniczącą Narodowej Rady Kobiet Samoa.
Kryzys konstytucyjny na Samoa w 2021
W wyborach parlamentarnych przeprowadzonych 9 kwietnia 2021 FAST i HRPP uzyskały w 51-miejscowym parlamencie po 25 mandatów;