Zastosowany układ opancerzenia kadłuba obejmował burtowy pas pancerny o grubości 63,5 mm, łączący się z pokładem górnym, o długości 73,17 m oraz wysokości 4,87 m, z czego 0,84 m znajdowało się pod wodą. Zapewniał ochronę przed ostrzałem z dział kalibru 102 mm. Pas ten znajdował się na obu burtach i chronił pomieszczenia kotłowni oraz maszynowni. Wykonany był ze stali o wysokiej odporności na rozciąganie, a składał się dwóch warstw płyt pancernych. Pokład główny jednostki pokryto płytami pancernymi o grubości 28,5 mm. Zamontowane wcześniej główne działa kal. 140 mm osłonięto maskami pancernymi o grubości 10 mm. Komory amunicyjne dział artylerii głównej zostały opancerzone płytami o grubości 32 mm, natomiast opancerzenie szybów podajników amunicyjnych wynosiło 16 mm.
Uzbrojenie i wyposażenie „Nagarę” wyposażono w dalocelowniki, lornety oraz kompasy. Większość tego wyposażenia znajdowała się na pokładzie kompasowym. Okręt miał dwa maszty. Jeden ulokowano za dziobówką, a drugi na śródokręciu w okolicach rufy. Na dziobowym maszcie znajdował się dalocelownik Typu 13 służący do kierowania ogniem artyleryjskim, stanowisko dowodzenia artylerią i dwa reflektory. Na przełomie 1940/41 roku reflektory o średnicy 90 cm zastąpiono przez trzy o średnicy 110 cm.