Pod koniec X wieku na Pirchiriano założył pustelnię św. Jan z Besate, arcybiskup Rawenny, uczeń św. Romualda. Arcybiskup Jan miał doświadczyć objawienia Michała Archanioła, wybierającego wzniesienie na miejsce swojego kultu. Budowę klasztoru rozpoczęto za papieża Sylwestera II, którego pontyfikat przypadł na lata 999–1003. Żyjący pod koniec XI wieku mnich Wilhelm w swym dziele Chronicon Coenobii Sancti Michaelis de Clusa jako datę fundacji podaje rok 966. Cenobium rozbudował, ofiarowując je benedyktynom, francuski szlachcic Hugon z Montboissier. Była to cena, którą miał ponieść za uzyskanie odpustu. Opactwo, po wybudowaniu osobnego hospicjum dla podróżnych, stało się ważnym miejscem na szlaku przechodzącej w pobliżu Via Francigena, biegnącej z Anglii w kierunku Rzymu.
W roku 1090 hrabiowie Genewy podarowali opactwu Vallée de Chamonix oraz na początku XII wieku przeorat Port-Valais.
Opactwo rozwijało się swobodnie do 1379, kiedy ustanowiono urząd opata komendatoryjnego. W latach 1381–1622 życiem we wspólnocie zakonnej zarządzał przeor, a dochody wędrowały do nieprzebywającego nawet w opactwie opata komendatoryjnego. W 1622 papież Grzegorz XV, przekonany przez kard.