14 lipca 1795 została ogłoszona hymnem państwowym, zastępując zniesioną w 1792 pieśń Vive la Henri IV. W 1830 nową aranżację muzyki zaproponował Hector Berlioz. Marsylianka przestała być hymnem narodowym Francji (zastąpiona przez Pieśń wymarszu w 1799) w okresie I Cesarstwa, zaś podczas restauracji śpiewania jej zakazano. Monarchia lipcowa hymnem państwowym uczyniła La Parisienne Delavigne'a, władze Drugiej Republiki zmieniły ją na Le Chant des Girondins zastąpioną przez Partant pour la Syrie w II Cesarstwie. Uchwałą Izby Deputowanych z 14 lutego 1879 stała się ona oficjalnym hymnem III Republiki.
W czasie II wojny światowej Marsylianka pozostała hymnem środowisk walczących o wyzwolenie Francji spod hitlerowskiej okupacji – Ruchu Oporu w kraju oraz Komitetu Wolnej Francji (później Francuskiego Komitetu Wyzwolenia Narodowego) w Wielkiej Brytanii i wyzwolonych koloniach, a następnie Rządu Tymczasowego Republiki Francuskiej. Niemcy zakazali jej śpiewania w strefie północnej. Wykonanie hymnu stanowiło wówczas akt dużej odwagi. W strefie południowej, okupowanej dopiero od 1942, rząd kolaboracyjny uznał wprawdzie Marsyliankę za hymn Państwa Francuskiego, jednak śpiewać można było tylko w obecności przedstawicieli władzy lub za specjalnym zezwoleniem. Każde wykonanie Marsylianki bez zezwolenia groziło karą pozbawienia wolności.